La chiesa viene nominata per la prima volta in un antico documento notarile rogato a Gravedona nel 1306 e poi in una lista risalente al 1337 in cui vengono elencati i possedimenti del convento di S. Carporforo a Como, tra i quali alcuni situati nel comune di Stazzona. In entrambi i casi si fa riferimento a S. Giuliano, fin da allora patrono della comunità stazzonese.

Tuttavia la parte più antica dell'attuale chiesa di Stazzona dedicata a S. Giuliano martire risale alla seconda metà del '400. (1470-1490) Mentre all'esterno i mutamenti e le aggiunte sopravvenuti durante i secoli successivi ne hanno pressoché fatto scomparire l'impianto gotico originale, all'interno esso è ancora ben riconoscibile nei tre arconi a sesto acuto che sostengono il tetto in larice "a vista" dell'unica grande navata. Originale, seppur in più occasioni rimaneggiata, anche la cappella del Sacro Cuore (entrando a sinistra) realizzata dagli Stazzonesi emigrati a Bologna ed a quel tempo dedicata a Santa Marta, così come sono originali i due grandi finestroni, superstiti di quattro, sulla parete volta a lago e la porta laterale degli "uomini" sovrastata, all'esterno, dalla lunetta affrescata da una bella "Pietà" risalente a quel periodo. -Come ci ricordano gli atti della visita pastorale del Vescovo Feliciano Ninguarda del 1593- La chiesa, come ancora ricorda una lapide marmorea posta all'esterno, venne consacrata nel 1533, il 24 di aprile, da Mons. Ladino vescovo di Laodicea, suffraganeo del vescovo di Como Cesare Trivulzio, il quale concesse la solennità della ricorrenza nella domenica " In Albis."

Agli inizi del XVI° secolo, a seguito dei dettami del concilio tridentino, anche per la vice parrocchiale di Stazzona si resero necessari dei lavori, importanti , di adeguamento alle nuove liturgie, quali la cappella del S. Rosario ma soprattutto del nuovo presbiterio. (Coro) La fabbrica della cappella del S. Rosario, un autentico gioiellino di arte barocca, tutt'ora ben conservata, fu finanziata con la vendita -così recita un antico documento conservato in archivio- di un prezioso calice e a decorarla, nel 1619, fu chiamato il pittore Giovanni Mauro della Rovere, uno dei due fratelli noti come i "Fiammenghini." L'artista milanese coprì l'intera superficie con stucchi dorati ed affreschi. Sull'intradosso dell'arco e sulle due lesene che lo sorreggono, furono formate quindici formelle all'interno delle quali dipinse le scene dei 15 misteri del Santo Rosario. Sulla volta tre riquadri: quello centrale raffigurante Dio Padre in gloria benedicente ed ai lati, due momenti della vita della Vergine: la Natività e la Presentazione al Tempio. Nei due "quadroni " sulle pareti laterali della cappella, si possono ammirare lo Sposalizio della Vergine, a destra mentre a sinistra vi è una suggestiva quanto soave Madonna, assisa sulle nubi, nell'atto di schiacciare con il piede la testa del serpente-drago aiutata in questo dal figlio, adolescente , Gesù che lei tenta, con gesto teneramente protettivo, di allontanare. Al centro della cappella si trova la nicchia ai cui lati sono affrescati S. Domenico e S. Francesco d'Assisi e nella quale è conservata l'artistica, quanto antica, statua lignea della Madonna di Stazzona, la stessa che durante le celebrazioni della festa della Madonna annunciata -25 marzo, la più importante della parrocchia-, viene solennemente esposta alla venerazione dei fedeli e portata in processione per le vie del paese.

Per completare l'ampio ed alto coro e portarlo al suo splendore, occorse oltre un secolo ma il risultato è certamente appagante all'occhio. L'abbondanza e la ricchezza dei lavori a stucco sono attribuiti alla bottega dei Recchi come si è scoperto nel corso dei restauri del coro nel 2006. -Giovanni Battista Recchi Stuccatore e Pittore 1671- A decorarne la volta fu invitato l'arista comasco Paolo Recchi che nel 1672 vi affrescò un affollato scorcio di "paradiso" con grande profusione di santi, angeli musicanti e salmodianti ed angioletti giocosamente fluttuanti tra nuvole leggere, tutti estasiati dalla visone della SS. Trinità che si appresta ad accogliere, elevata sopra una nube, la Vergine Maria accompagnata dallo sposo e padre putativo di Gesù, S. Giuseppe. Sul lato opposto, parimenti inginocchiato sopra una nube, la figura del patrono della parrocchia: S. Giuliano martire mentre implora protezione per Stazzona.

Quasi 30 anni più tardi toccherà ad un altro grande artista del '700 completare la decorazione del presbiterio barocco. Da Laino, in val d'Intelvi, nell'estate del 1726 giunge a Stazzona Giulio Quaglio il quale, con indiscussa perizia, affrescò le pareti del coro con rappresentazioni di grande effetto. Al centro, nell'ancona alle spalle dell'altare maggiore, la scena della crocifissione - deteriorata nella parte bassa dall'umidità e parzialmente rifatta-; una concitata quanto drammatica "strage degli innocenti" nel "quadrone " sulla parete di sinistra e sulla parete di fronte un'inusuale "ultima Cena" nella quale, in una singola scena, l'artista vuole "raccontare" l'insieme degli avvenimenti accaduti durante quel convivio. Concludono il ciclo pittorico del Quaglio: S. Carlo - pesantemente ritoccato- e Santa Rosalia ai lati dell'altare ed i Santi Antonio abate e Giovanni il Battista sulle lesene del frontespizio dell'arcone del coro.

Verso la metà del XVIII° secolo il vecchio altare maggiore fu sostituito da quello che ancora oggi possiamo ammirare, realizzato in marmo, prevalentemente nero, con ricchi intarsi policromi che non poco meravigliò il Vescovo Pellegrini durante la sua visita pastorale nel 1764. Di fronte alla cappella del S. Rosario, ove un tempo doveva trovarsi la sacrestia, sorge la cappella del S. Crocifisso con fitti decori a stucco e tre medaglioni affrescati sulla volta tutti, -gli stucchi e le pitture- a richiamare i simboli della passione del Cristo. Nel 1830 l'altare di questa cappella fu dichiarato, con Bolla Papale: " Privilegiatum in perpetuo in suffragio dei defunti". Tre grandi tele ad olio, di autore e provenienza ignote, sono esposte su ognuna delle tre pareti della cappella: quella centrale riprende la scena della Pietà ove traspare tutto il dolore della Madonna per il figlio esanime che due angeli ( in realtà i due giovani non hanno ali) delicatamente gli adagiano in grembo. Nella tela di destra viene proposto il miracolo dell'Eucaristia attribuito a S. Antonio da Padova ed in quella di sinistra, il martirio di S. Stefano. Attualmente qui si esibisce la corale della parrocchia. Interessanti i lacerti quattro - cinquecenteschi riaffiorati da sotto lo scialbo durante i lavori di restauro degli anni '60 del secolo scorso ed in parte attribuibili a Battista da Musso - specie le Madonne sulla parete verso lago. Tutte in cattivo stato-; tra di loro spicca per la buona ed integra conservazione la figura del patrono, S Giuliano martire sulla parete di destra appena entro la "porta delle donne". (Festa patronale il 22 di giugno) Notevoli, per la loro bellezza plastica e la fine esecuzione, le due figure di S. Sebastiano, specie quella di destra, rinvenuti sulle lesene esterne della cappella del Sacro Cuore. Fatta eccezione per i suddetti lacerti, la navata si presenta alquanto sobria arricchita però in alcuni punti da lavori a stucco, sia a basso che ad alto rilievo. La grande Annunciazione che occupa per intero il frontespizio dell'arco trionfale con al centro la figura di Dio Padre benedicente tra la Vergine Maria inginocchiata a destra e l'Arcangelo Gabriele con in mano un giglio a sinistra. Sopra la cappella del S. Rosario vediamo l'Assunzione di Maria mentre sulla parte opposta, sopra la cappella del SS Crocifisso, la Risurrezione di Gesù. Decorativi anche i sei medaglioni, in parte dipinti, alla sommità delle lesene che sorreggono i tre archi gotici della navata. Sono gli unici richiami al Vecchio Testamento presenti nella chiesa e narrano episodi della vita di Abramo e della sua famiglia.

Pregevole pure l'organo sulla la cantoria in fondo alla chiesa, oramai muto ed in disuso dagli anni '60, dono, nel 1771, della "Scola Panormi" -gli stazzonesi emigrati a Palermo tra il XVI° ed il XIX° secolo- alla propria parrocchia . Nella seconda metà del '700 a ridosso dell'intero fronte della chiesa fu eretto un imponente portico al cui centro si apre il grande portale di legno sormontato dal tondo con l'effigie del santo patrono ( Artista milanese, 1933 circa) e sopra vi si costruì un ampio vano, voltato, usato come cappella della confraternita. Da allora il portico con i suoi tre archi frontali a tutto sesto, la sovrastante cappella con i suoi tre finestroni che la illuminano ed il timpano, caratterizzano la facciata dell'edificio sacro. A decorare la parete di fondo di questa cappella fu chiamato, nella seconda metà dell'800, l'artista pagnonese Giovanni Tagliaferri il quale oltre alla grande scena dell'annunciazione nell'arco sovrastante l'altare, vi affrescò, sui due lati, anche le figure di S. Giuliano martire e Santa Rosalia da Palermo.

L'ultima aggiunta ad influire sull'aspetto della chiesa è stata, nel 1907, la cappella di S. Giuseppe- la prima entrando a destra- attualmente trasformata in penitenzieria. Dalla seconda metà degli anni '60 dello scorso secolo e fino ad oggi la chiesa è stata a più riprese, interessata da lavori di consolidamento e conservazione a partire dal rifacimento completo del tetto, da una nuova intonacatura esterna ed interna, dalla ripulitura delle superfici affrescate, alla realizzazione dell'impianto di riscaldamento. Opere intraprese e completate da don Vittorio Bianchi ( 1966-1979). A quel periodo risale anche l'assetto attuale della piazza della chiesa.

Negli ultimi vent'anni del '900, parroco don Luciano Battistessa (1979-2000), si è provveduto ad adeguare alla nuova liturgia l'altare maggiore ed il presbiterio, a restaurare e risistemare le cappelle laterali, a riportare il battistero alla sua forma originale, ad elettrificare le campane e ad installare un nuovo sistema di illuminazione. Nel breve periodo in cui fu parroco don Luigi Ceccato (2000-2006) si è provveduto al completo restauro del coro con pulitura degli affreschi, consolidamento degli stucchi e la rimozione di precedenti intonacature su stucchi e lesene il che ha permesso di riportalo al suo originario splendore. Con l'arrivo di don Claudio Scaramellini (2006-2011) l'attenzione è stata posta prima sul campanile da tempo segnato dalle vibrazioni provocate dalle campane elettriche sui loro supporti, poi sull'esterno dell'edificio in parte (a monte) ancora soggetto ad infiltrazioni di umidità di risalita che danneggiavano i muri, ma soprattutto, i decori interni, specie della cappella del SS Crocifisso. Si è trattato di un lavoro notevole ed incisivo, anche per i costi, con il quale però si è ridonato alla chiesa un aspetto il più vicino possibile a quanto fosse fino agli anni '60. Nel 1886 l'allora vescovo di Como, Mons. Pietro Carsana, elevò la chiesa di S. Giuliano m. da vice parrocchiale dipendente dalla collegiata di Dongo e dal suo arciprete, quale fino ad allora era stata, a parrocchiale. In quel periodo e fino al 1889, la parrocchia restò affidata ad un Economo Spirituale, don Bartolomeo Mornatti, allora parroco -il primo- di Germasino. Il primo parroco di Stazzona fu Don Salvatore Mastrosanti (1889-1905) Alla sua morte gli subentrò Don Agostino Giovanettoni, (1906 -1950) poi, in successione: Don Sigifrido Cappelletti (1950-1959), Don Beniamino Fustella (1960-1961), Don Arialdo Porro (1962-1965), don Vittorio Bianchi (1966- 1979), Don Luciano Battistessa (1979-2000) e don Luigi Ceccato (2000-2006). Nel 2006 la parrocchia è stata affidata a Don Claudio Scaramellini il quale, promosso arciprete di Gravedona nel 2011, conservò ancora per alcuni mesi anche l'incarico di parroco di Stazzona coadiuvato da don Giampaolo Cozzi, parroco di Musso. È infine a don Giampaolo che sul finire del 2011, il Vescovo ha affidato l'incarico oltre che di pastore della parrocchia di S. Biagio v. anche di quella di S. Giuliano m.